多肽抗原南京肽業

多肽抗原方案設計

難于獲得困難、分子量小、同源性較高不易與其他區分的抗原，我們可以考慮采用多肽合成方法制備抗原；多肽抗原為半抗原，必須與載體偶聯形成*抗原才可以免疫動物。多肽抗原方案制備抗體核心是多肽選取與抗原表位的設計。多肽設計前首先對抗原蛋白進行系統分析，分析方法與原核重組表達蛋白相同，在此不做贅述。

1．多肽設計通用原則

u  外源性原則：

設計多肽序列與被免疫宿主蛋白序列不同源（Blast檢索）。

u  特異性原則：

設計多肽序列與自身物種其他蛋白序列不同源（Blast檢索）。

u  親水性原則：

蛋白質都是將親水部分暴露在外，只有抗原更好的溶于水相才能更好地激發免疫反應，因此設計的多肽一定要親水性好（通過DNassist，GCG，ProtScale等軟件預測親水性）。

u  C末端性原則

末端肽段比內部肽段暴露性更好，更容易制備抗體，但膜蛋白C端疏水性比較強，一般選擇N端多肽。

u  結構原則

序列不形成α-helix、內部重復或接近重復段的序列。

u  氨基酸原則

 序列內Pro(脯氨酸)一般不超過2個；同時盡量包括MHC類分子偏好的Asp，Tyr，Phe等氨基酸，避免容易發生糖基化的氨基酸（如Asn、 Ser 、Thr和Hyp）和磷酸化的氨基酸（Ser、Thr和Tyr）。

u  連接臂原則

一般在肽鏈上加一個聯接臂便于多肽與載體偶聯，常用的是加Cys的-SH，加在對抗體產生影響小的那一端：選擇N末端多肽序列的加在多肽C端；選擇C末端序列則-SH加在N端，選擇中間肽段加在對抗體制備影響比較小的那一端。

u  長度原則

抗原表位一般是6～8個氨基酸組成，多肽做抗原的時候一般設計15～20個氨基酸，一方面為防止蛋白質水解，另一方面為了保證表位覆蓋率。鏈太長則易造成鏈內二級結構，同時增加合成的成本。

u  純度原則

用于制備抗體的多肽，85%以上的純度就足夠了，純度越高合成的成本越高。

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